以前と違い今プラグインサーバーを建てるのは少し面倒になっています。
EULAが適用された事によって、更新する事ができなくなってしまったようです
現在はSpigotTeamという所がサーバー開発を行っています。
サーバーを構築する上で以前と違う所は、自分でビルドする必要があるという所です。
ソースコードからコンパイルする必要がある為Windowsで実行する為には
外部ツールが必要になります

手順

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ダウンロード

Git
BuildTools
現在の最新バージョンは#42です
どちらも最新バージョンをダウンロードすれば問題ない
サーバーのバージョンはどうなるの?と思うかもしれませんが後ほど解説します。
Buildtoolsはダウンロードして新しいフォルダに保存しておくと便利です

Gitのインストール

Gitをダウンロードしインストールする。
下の画面がでるまでは全て許可・OK・NEXTなどを押してください
この画面もNEXをクリック
gitinstallconpotent
次は Use Git from Git Bash only にチェックを入れる
gitsetup
次はお好みですが、基本的には一番上でおkです。
するとインストールが始まるのでしばらく待ちます
gitstyle
終わったら Finish をクリック
これでインストールは完了しました

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サーバーファイルの構築

先ほど保存したBuildToolsのフォルダに行き
BuildToolsを右クリックします。
その中にGit Bashという項目があるのでクリック
すると次の画面がでるのでコマンドを入力する。
git bash

上記のコマンドを入力してEnter
今回は解説なので特にバージョンの指定はしませんが
最新バージョンではなく他のバージョンにしたいという方は以下を追加する必要があります

(バージョン指定は*の部分を使用したいバージョンに変更してください)
すると文字がズラーっとでるのでしばらく待ちます
この画面がでたら完了です。
gitbash complet
PCと環境によりますが私の場合は5分ほどで終わりました
これで終了になります。

サーバーの起動

BuildToolsを保存した場所にサーバーファイルが作成されています
後は、craftbukkitかspigotをbatファイルで起動させればサーバー起動は完了です
batファイルについては以下を参考にしてみてください
Minecraftで使用されるbatファイルとは??設定など